冷卻塔經常出現結垢、腐蝕物質沉積、銹蝕、軍團菌、細菌藻類等污染問題，但冷卻塔的清洗和維護是一個共同的論題。冷卻塔在日常運用中暴露在空氣中?？諝庵杏性S多懸浮粒子、塵埃和雜質。冷卻塔會在冷卻塔中堆積，冷卻塔會產生污垢沉積。在冷卻水體系中，也會有很多的藻類和泥漿，形成堵塞。

    在冬季，很少需求冷卻塔。冷卻塔會積累很多的水，冷卻塔內的水會對內部冷卻塔形成一定的腐蝕，長期以來會腐蝕材料的積累，導致部分腐蝕嚴峻。

    在冷卻塔中，循環水含有無機鹽、有機化合物和微生物。在某些季節，水溫可以達到35度以上。如果長時間不更換冷卻水或供水缺乏，長時間不清洗、消毒或徹底消毒，將會滋生許多細菌。典型的細菌是"軍團菌",這種細菌。它會引起傳染病。

    在冷卻塔冷卻水中，冷卻水產生并形成微生物氣溶膠，該氣溶膠部分流向冷卻塔周圍的空氣，影響周圍800米。因而，城市的冷卻塔是城市污染的首要來源。